A área em estudo está localizada hidrologicamente na Bacia Hidrográfica da Baía da Ilha Grande, composta pelos rios que drenam para a Baía da Ilha Grande (Figura 6).

Figura 6: Mapa de detalhe da Bacia Hidrográfica da Área de Estudo. Fonte: IBGE.

Próximo à área encontra-se o Rio Perequê-Açu, com nascente no Parque Nacional da Serra da Bocaina.

No ano de 1728 o rio Perequê-Açu, que tinha sua foz natural ao norte do Morro do Forte, foi transladado para a planície ao sul. O novo álveo foi aberto fraldeando o Morro do Forte. O motivo seria a falta de água potável para os moradores da cidade. Devido a esse desvio algumas consequências ocorreram à vila; a barra do Perequê-Açu passou a correr a sul, aproximando-se cada vez mais da barra do Matheus Nunes, e com a corrente do mar, natural a este, passaram a sitiar a frente da cidade, tornando o porto mais baixo e lamacento e, na preamar, as respectivas águas invadem as ruas (Figura 7).

Figura 7: Mapa de detalhe das águas superficiais próximas à Área de Estudo.

O Rio Perequê-Açu apresenta indícios de contaminação (Lepac, 2008) e enchentes são registradas tanto neste quanto no Rio Matheus Nunes.

O clima da região é do tipo CWa, de acordo com a classificação de Köppen. A precipitação anual média é de 2.384 mm e temperatura média anual de 27 ºC, com importantes variações.